Родился в III веке в Фиваиде (Верхний Египет) от родителей язычников и получил хорошее образование. В 20 лет был призван в войска императора Константина, где встретился с христианами и сам стал последователем Христа. Вернувшись из войска после победы, Пахомий принял святое Крещение, поселился в уединенном селении Шенесит и сразу же стал вести строгую подвижническую жизнь. После 10 лет пустынной жизни, прп. Пахомий, идя по пустыне, остановился у развалин селения Тавенниси и услышал Голос, приказавший ему построить на этом месте обитель. Постепенно к прп. Пахомию стали собираться ученики, которых поражало трудолюбие наставника: он сам возделывал сад, наставлял приходящих, служил больным. Прп. Пахомий ввел устав общего жития, установив единообразие для всех в пище и одежде. Иноки должны были трудиться на общую пользу обители и не должны были иметь собственных денег или принимать что-нибудь от своих родственников. Преподобный считал, что послушание, исполняемое с усердием, выше поста и молитвы, и требовал от иноков точного соблюдения устава, строго наказывая нарушителей. Со временем количество иноков увеличилось до 7000. Преподобный учил всячески опасаться осуждения других и сам боялся даже в мыслях осудить кого-либо. С особой любовью относился преподобный Пахомий к больным инокам. Он посещал их, ободрял унывающих, убеждал благодарить Бога и возлагать надежду на Его святую волю. Больным он ослаблял пост, если это было необходимо для их выздоровления. Прп. Пахомий всегда поучал иноков иметь надежду только на помощь и милость Божию. Ему были открыты Господом последующие судьбы монашества. Он знал, что последние монахи не будут иметь такой ревности к подвигам, как первые, будут ходить как во тьме, не имея опытных руководителей. Под конец своей жизни прп. Пахомий тяжко заболел от моровой болезни. Скончался прп. Пахомий ок. 348 г. в возрасте 53-х лет и был погребен у горы возле обители.