Христиане с первых дней существования Церкви верили в Отца, Сына и Святого Духа, основываясь на словах Христа и свидетельствах Писания. Однако понадобилось несколько столетий, чтобы учение о Троице было облечено в точные богословские формулировки. Выработать соответствующую терминологию было необходимо, во-первых, для того, чтобы опровергать возникавшие ереси, и, во-вторых, чтобы о Троице можно было говорить людям, воспитанным на традициях античной философии.

В III веке Церковь столкнулась с ересью Савеллия, который учил, что Бог — единое Существо, а три Лица — это как бы три проявления одной и той же Природы, как бы три «личины», под которыми Бог является людям (греческий термин «лицо» — prosopon — означает не столько личность, сколько «личину», маску актера). Одна и та же неделимая Монада, считал Савеллий, действовала в разные времена как бы в трех различных модусах: в Ветхом Завете Бог проявлял Себя как Отец, в Новом Завете как Сын, а в Церкви после Пятидесятницы как Святой Дух. Бог, по Савеллию, есть «Сыно-Отец»: вне отношения к миру Он есть молчащая Монада, а в отношении к миру Он есть Слово-Логос. Учение Савеллия явился крайним выражением монархианства, в основе которого лежало представление о Боге как неделимой Монаде.

Александрийский священник Арий в начале IV века учил, что Отец есть единый истинный Бог, а Сын является Его творением. Сын был создан «из ничего», но Он имеет преимущество над прочими тварями, так как рожден раньше времени и веков. Арианство — одна из форм субординационизма, то есть учения о подчинении Сына Отцу, а Духа — Сыну. Арианство быстро получило широкое распространение и вызвало бурные споры на всем христианском Востоке. По поводу учения Ария был созван в Никее в 325 году I Вселенский Собор, которому суждено было сформулировать православное учение о Святой Троице.

Никейский Собор говорил о Сыне как «единосущном» (homoousios) Отцу, то есть имеющем одну сущность с Отцом. Богословы употребляли и другой термин — «ипостась» (hypostasis — существование), первоначально воспринимавшийся как синоним «сущности». Постепенно, однако, уже в эпоху после Никейского Собора, слово «ипостась» получило значение личностного существования, т. е. персонального и конкретного бытия, тогда как под «усией» стали понимать некое общее онтологическое свойство. Решающую роль в окончательной выработке троичной терминологии сыграли «великие каппадокийцы» — Василий Великий, Григорий Богослов и Григорий Нисский. Они же сформулировали учение о Святом Духе как единосущном и равном Отцу и Сыну.

Таким образом, православное учение о Боге Троице выражается в следующих терминах: Бог един по существу, но един в трех Ипостасях. Если формула «одна природа — три Лица» оставляла возможность говорить об эманациях и личинах одного и того же Существа, то формула «одна сущность — три Ипостаси», указывая на онтологическое единство Божества, подчеркивала вместе с тем самостоятельность каждой Ипостаси. Отец, Сын и Святой Дух — это три полноценные Личности-персоны, каждая из Которых обладает не только полнотой бытия, но и является всецелым Богом. Одна Ипостась не есть треть общей сущности, но вмещает в Себя всю полноту Божественной сущности. Отец есть Бог, а не треть Бога, Сын также есть Бог и Святой Дух — тоже Бог. Но и все Три вместе не есть три Бога, а один Бог. Мы исповедуем «Отца и Сына и Святого Духа — Троицу единосущную и нераздельную» (из Литургии святителя Иоанна Златоуста). То есть три Ипостаси не делят единую сущность на три сущности, но и единая сущность не сливает и не смешивает три Ипостаси в одну.